وحول وجود بعض الخلافات مع بعض الشركاء في التحالف فيما يتعلق مثلا بجماعة الإخوان المسلمين، أوضح سمو الأمير أن هناك خلافات مع بعض الشركاء في التحالف حيث سادت حالة من الضبابية في بداية الربيع العربي بالنسبة إلى الجميع وبخاصة في المنطقة لأن التطورات كانت تجري في بلدان مجاورة والجميع خطا خطوات مختلفة في السياسة الخارجية وقد اتبعت قطر السياسية الخارجية الصائبة من منظورها حينها وهي المساعدة والوقوف إلى جانب الشعوب العربية التي تطالب بحريّتها وكرامتها، مشيرا إلى الانتخابات المصرية التي انتخب فيها الشعب حكومتَه، وكان قد انتخب حينها الإخوان المسلمين.
وأشار سمو الأمير المفدى، خلال مقابلة اليوم مع المذيعة كريستيان أمانبور على شبكة سي ان ان الأمريكية،  إلى أن دولة قطر قدمت المساعدة إلى الحكومة العسكرية المصرية قبل الإخوان المسلمين وبعد تنحي الرئيس حسني مبارك مباشرة وأن ما يدعيه البعض بدعم الإخوان المسلمين غير صحيح فالدعم الذي قدمته قطر كان للحكومات المصرية المتعاقبة ومازال مستمرا لذلك فالأمر لا علاقة له بالإخوان المسلمين.
وحول سؤال عن وجود عدد من قيادات تنظيم جماعة الإخوان المسلمين في قطر، أجاب سموه بأنه
بعد ما حدث في مصر قبل عام، جعل العديد من قياديي الإخوان المسلمين يأتون إلى قطر لأنهم كانوا مهددين وخائفين ، وهم في أمان وموضع ترحيب في قطر طالما أنهم لا يمارسون أي نشاط سياسي ومازال البعض موجودا والبعض الآخر منهم غادر البلاد لأنهم يؤمنون بأنه آن الأوان لممارسة العمل السياسي، وهم مدركون أن قواعد بقائهم في قطر تمنعهم من ممارسة أي نشاط سياسي ضد أي بلد
عربي آخر.