روى الشيخ محمد أيوب تعيينه إماما في الحرم المدني قائلاً: "حينما كنت إماماً في مسجد قباء سمع عني الشيخ عبد العزيز بن صالح بأن هناك شيخاً يدعى محمد أيوب يتميز بصوت حسن وأداء مميز، فطلب من ابنه أن يحضرني لمجلسه، فحينما وصلت إليه طلب منى الشيخ ابن صالح أن أتلو بعض الآيات، فما إن استمع إلى قراءتي حتى أعجب بها الشيخ والحاضرون، فقال لي الشيخ ابن صالح هل تستطيع أن تصلي بالناس في الحرم المدني صلاة التراويح وكان ذلك في أواخر أيام شهر شعبان، فوافقت على ذلك، فصدر القرار الحكومي بتعييني إماما مكلفا في الحرم المدني. وكان ذلك العام 1410هــ وصليت صلاة التراويح كاملة لوحدي في تلك السنة عدا ثلاثة أيام من رمضان. وقد كان شيخي الشيخ خليل قارئ في تلك السنة في خارج البلاد فكان يستمع إلى قراءتي عن طريق المذياع ويتصل بي يوميا ويدعو لي".
 
وأضاف: "تنتابني رهبة شديدة كلما وقفت في محراب رسول الله صلى الله عليه وسلم، وكنت أخشى ألا أقوم بها على الوجه المطلوب وسألت الله أن يثبتني وأن أقوم بالمسؤولية الملقاة على كاهلي".

والشيخ حفظ القران وعمره 12 عاماً، ودرس القرآن على الشيخ "زكي داغستاني" في المدرسة الابتدائية عندما كان في مكة المكرمة، وكذلك على الشيخ خليل قارئ، وكلا الشيخين تميزا بالقراءة الحجازية إلا أنه أخذ عن الأخير التلاوات تلقيناً، فكان يرافق الشيخ أينما رحل فقد ذهب الشيخ خليل إلى الطائف ورحل معه الشيخ محمد أيوب إلى هناك. كان والد الشيخ محمد أيوب قد أوصى الشيخ خليل قارئ أن يهتم به كثيراً آملاً أن يكون له شأن عظيم، فكان كما أراد.

وشيعت جموع المصلين بعد صلاة الظهر اليوم في مشهد مهيب بالمسجد النبوي الشريف ، جثمان الشيخ محمد أيوب ليُوارى في بقيع الغرقد، وسط حضور مسؤولين وأعيان أهالي المدينة المنورة حيث  امتلأت بهم ساحات المسجد النبوي الشريف. 

س.س