كشفت دراسة علمية حديثة أن نهر الفرات ظهر إلى الوجود على ما يبدو منذ ما بين 1.6 مليون ‌و3.6 مليون سنة عندما اندمج نظامان نهريان سابقان بسبب النشاط التكتوني في جبال طوروس بجنوب تركيا حاليا، وذلك استنادا إلى صور زلزالية لرواسب مدفونة تعود إلى أكثر من خمسة ملايين عام مضت عندما جفت أجزاء كبيرة من البحر، وهو حدث يعرف باسم «أزمة الملوحة الميسينية».
وخلص علماء جيولوجيا، في دراسة نشرتها دورية «نيتشر جيوساينس «، إلى أن نهرين منفصلين، وهما سلفا نهري «قره صو» و»مراد» الموجودين حاليا في تركيا، كانا يتدفقان عبر منطقة تمتد بين تركيا وسوريا ويصبان في حوض البحر المتوسط، لافتين إلى اعتقادهم بأن النشاط التكتوني في هذه المنطقة المعرضة للزلازل تسبب في تحويل مسار سلف نهر مراد نحو الخليج، فيما انضم إليه لاحقا سلف نهر قره صو، وأن هذا شكل نظاما نهريا واحدا قويا وهو نهر الفرات.
وذكروا أنهم استخدموا التصوير الزلزال (كإحدى الأدوات الرئيسية في بحثهم)، وهي تقنية تنشئ خرائط مفصلة ثنائية وثلاثية الأبعاد لباطن الأرض من خلال تسجيل كيفية انتقال الموجات الصوتية عبر طبقات الصخور الجوفية وارتدادها عنها، لافتين إلى تمكنهم من خلال ذلك من اكتشاف ملامح قنوات نهرية قديمة تختفي تحت قاع البحر.