أكدت وزارة الصحة العامة أن التسجيل يعتبر من أهم المبادئ والخطوط التوجيهية للنظم الوطنية للرقابة على الأغذية كما نصت عليه المبادئ الدولية ومنها وثيقة لجنة دستور الأغذية 2013-82 CACGL، وأن التسجيل يهدف الى تطبيق أنظمة رقابية فعالة من خلال تأمين قاعدة بيانات دقيقة ومحدثة على امتداد السلسلة الغذائية يسهل تتبعها عند الحاجة. كما يشكل التسجيل أحد اهم المتطلبات الوقائية لضمان سلامة وصلاحية الغذاء.
وأشارت وزارة الصحة في كُتيب «الأسس العامة لتسجيل المواد الغذائية في النظام الإلكتروني ”واثق“ – المنشآت الغذائية» إلى الأخذ بعين الاعتبار عادة ربط التسجيل بتحديد مستوى الخطورة للغذاء أو منشآت تداول الغذاء تبعاً لطبيعتها وتاريخ مطابقتها ويتم اعتماد التسجيل واستمرار التصريح أو إلغاؤه بناء على تاريخ المطابقة للمتطلبات والاشتراطات ذات الصلة، كما أن مستويات خطورة الغذاء ومنشآت تداول الغذاء يتم تغييرها تبعا لذلك أيضا.
وجاء على الموقع الالكتروني لوزارة الصحة العامة: 
يعتبر التسجيل القاعدة الأساسية التي بني عليها النظام الإلكتروني «واثق» بنسخته الجديدة والمتوفر الآن على موقع وزارة الصحة العامة، والذي يعد واحدا من اهم المتطلبات الهامة لتطبيق نظام رقابة إلكتروني يتضمن تسجيل كافة المعلومات عن مستوردي ومصدري الأغذية ومنشآت الأغذية المحلية وكذلك تسجيل منتجاتها من الأغذية المستوردة والمحلية مما يسهل عملية رقابتها بطرق حديثة ويسهل تتبعها حال تلقي اخطارات باحتمالية ارتباطها بأخطار محددة.
تحتوي هذه الوثيقة على أهم التعاريف ذات الصلة والضوابط الخاصة بعملية التسجيل سواء كانت فنية أو تشريعية بالإضافة لملحق يبين تصنيف المخاطر للمجموعات الغذائية المختلفة بحسب مستويات الخطورة بهدف التسهيل على المنشآت الغذائية عند تسجيل منتجاتها تحقيقاً لمبدأ الشراكة الذي تعتبره إدارة سلامة الأغذية أساسا لتحقيق اعلى مستوى ممكن من سلامة الغذاء عبر كامل السلسلة الغذائية والذي سينعكس مباشرة على انسيابية إجراءات عملية التفتيش.
2- الأسس العامة
1 - على المنشآت الغذائية التسجيل لدى الجهة المختصة قبل تداول الغذاء للمنشأة الجديدة، بما في ذلك مرافق الإنتاج الأولية. يشمل التسجيل جميع المعلومات اللازمة لتنفيذ صلاحيات الجهة المختصة بما فيها:
أ- تعبئة المعلومات المطلوبة بحسب الخانات المحددة في النظام كاسم الشركة وعنوانها وغيرها من المعلومات، على أن تنسجم المعلومات المقدمة مع الوثائق المرفقة كطبيعة النشاط الغذائي استيراد، مطاعم.
ب- التحقق من دقة المعلومات قبل تقديم طلب التسجيل إلكترونياً.
ج- إرفاق ما يثبت ترخيص المنشأة الغذائية ونشاطها ذا الصلة بتداول الغذاء (سجل تجاري يبين النشاطات ورخصة تجارية) بحسب ما هو مبين في النظام.
د- تحديد اسم ووظيفة مسؤول المنشأة الغذائية ومن ينوب عنه في حال غيابه، مع إرفاق ما يثبت ذلك مرفق نموذج الخطاب تحديد الشخص المخول بالتوقيع ككتاب رسمي من المالك أو المدير العام للشركة مع أهمية الإشارة الى أن المسؤول عن المنشأة الغذائية هو المسؤول فنياً وقانونياً أمام وزارة الصحة عن البيانات المسجلة ذات الصلة وعن متابعة نشاطات التداول وتوجيهات وزارة الصحة العامة ذات الصلة حسب ما منصوص بنموذج خطاب المسئولية.
هـ - باستثناء نشاطات الاستيراد على المنشآت الغذائية استيفاء البيانات الخاصة بالمنشأة الغذائية ومتداولي الغذاء العاملين والأنظمة المطلوبة وخطط سلامة الغذاء فيها بحسب البيانات الموجودة في النظام.
و- تحديث بيانات المنشأة عند أي تغيير في البيانات المقدمة.
2 - على المنشآت الغذائية تسجيل منتجاتها الغذائية لدى الجهة المختصة قبل تداول الغذاء للمنتجات الجديدة، بما في ذلك المواد الغذائية الخام أو الأولية، ويشمل التسجيل جميع المعلومات اللازمة لتنفيذ صلاحيات الجهة المختصة.
أ- أن يتم البدء بتسجيل المنتجات الغذائية بعد استكمال تسجيل المنشأة الغذائية وحصولها على اسم مستخدم ورمز مرور.
ب- تعبئة المعلومات المطلوبة بحسب الخانات المحددة في النظام كاسم الغذاء ومجموعته الرئيسية والفرعية والمكونات وغيرها من المعلومات على أن تنسجم المعلومات المقدمة مع الصور والوثائق المرفقة كشهادات الأغذية العضوية.
ج- التحقق من دقة المعلومات ومطابقتها لمتطلبات اللوائح الفنية والمواصفات القياسية قبل تقديم طلب التسجيل إلكترونياً.
د- إرفاق الصور الخاصة بكل منتج من ثلاث جهات مختلفة تبين كافة معلومات بطاقة البيان بوضوح.
هـ - إرفاق ما يثبت الصفات الخاصة بالمنتج، أو الادعاءات، أو الدراسات الخاصة بطول فترة الصلاحية، أو أي استثناءات خاصة بالمنتج أن وجدت أو غيرها من الوثائق ذات الصلة.
و- تقديم الطلب إلكترونياً والاستجابة لأي طلب بالتعديل لحين الحصول على القرار النهائي باعتماد أو رفض المنتج.
3 - يجب الأخذ بعين الاعتبار ما يلي:
أ- تسجيل المنتج الغذائي يعني استيفاءه لمتطلبات بطاقة البيان ولا يعني أن الغذاء لن يخضع للرقابة والتفتيش لاحقا.
ب- لا يجوز استخدام وثائق التسجيل لأي غايات غير الغايات التي أصدر من أجلها مثل الدعاية والإعلان الا بموجب موافقة خطية من وزارة الصحة العامة.
ج- الشركات المسجلة في النظام الإلكتروني «واثق» لوزارة الصحة العامة ستتمكن حصراً من تنظيم بيانات استيراد / تصدير من خلال نظام النديب، في حين لن تتمكن الشركات غير المسجلة من تنظيم هذه الأنواع من البيانات.
د- يوصى بتكليف فنيين مختصين بالتسجيل خاصة عند تسجيل المنتجات الغذائية لما يتطلبه من معرفة فنية متخصصة.
هـ- أن التسجيل المؤقت أثناء إنشاء البيان الجمركي يجب أن يتبعه استكمال لعملية تسجيل لباقي المعلومات المطلوبة لحين الحصول على الاعتماد النهائي للغذاء.
وـ دقة وصحة البيانات المسجلة للمنتج تسهل وتسرع من إجراء تفتيش الإرساليات الغذائية في منفذ الدخول.
3. الوثائق المطلوب إرفاقها لعملية التسجيل
أولا: لتسجيل الشركة يرفق ما يلي:
1 - صورة عن السجل التجاري وبطاقة المنشأة
2 - صورة للختم الرسمي وشعار الشركة
3 - صورة عن البطاقة الشخصية للمالك
4 - خطاب بتسمية الشخص المسؤول عن تداول الغذاء موقع من قبل الشخص المخول بالتوقيع في حال كان الشخص المسؤول عن تداول الغذاء غير الشخص المالك أو المخول بالتوقيع نفسه، وسيتم التعامل من قبل الوزارة مع الشخص المسؤول عن تداول الغذاء بصفته الشخص المسؤول عن صحة البيانات وتحديثها.
الشخص المسؤول: ضمن مفاهيم الرقابة الحديثة يجب أن تسمي المنشأة الغذائية شخصاً يتولى الصلاحيات المشار إليها في تعريف المسؤول عن تداول الغذاء الواردة في هذا الدليل، أن وجود مثل هذا الشخص مهم لتعزيز مبدأ الشراكة في العملية الرقابية ويسهل التواصل بين الجهة الرقابية والمنشأة الغذائية كما انه يساعد على تنفيذ المتطلبات الخاصة بسلامة الغذاء بعيدا عن الصلاحيات غير الواضحة للعاملين بالمنشأة الغذائية. إن الشخص المسؤول من الممكن أن يكون صاحب المنشأة نفسه وقد يكون المدير الفني أو المخول بالتوقيع وقد يكون مسؤول المناوبة كما قد يكون هناك شخص واحد أو أكثر من مسؤول عن تداول الغذاء داخل المنشأة.
يهدف هذا المتطلب لتحديد اسم هذا الشخص / الأشخاص ليكونوا مسؤولين أمام الوزارة عن دقة وصحة المعلومات المقدمة، كذلك المسؤولية الأدبية والأخلاقية بجانب المسؤولية الفنية والقانونية.
تقدم المنشأة خطاب المسؤولية المعتمد لدى الوزارة موقعاً من مالك الشركة الوارد اسمه في قيد المنشأة يتم تسمية الشخص المسؤول في حال أن هذا الشخص غير مفوض بالتوقيع في قيد المنشاة، وبشكل عام يجب أن يتضمن خطاب الشخص المسؤول على المعلومات التالية:
اسم الشخص الذي تخويله للشركة
رقم بطاقته الشخصية:
خطاب المسؤولية يجب أن يتضمن المعلومات التالية عن نطاق المسؤولية:
1 - الاتصال المباشر مع وزارة الصحة العامة.
2 - إدارة أنشطة وإجراءات شحنة الغذاء بما في ذلك السحب والاستدعاءات والتتبع.
3 - الاستجابة في حالات الطوارئ المتعلقة بسلامة الأغذية.
.4 - التحقق من فعالية الممارسات التشغيلية الجيدة
5 - التحقق من تنفيذ خطط الرقابة الغذائية
6 - مسؤول عن صحة معلومات الشركة ومنتجاتها في نظام تسجيل المواد الغذائية.
ثانيا: لتسجيل المادة الغذائية يرفق ما يلي:
1 - إرفاق ثلاث صور مختلفة للمنتج الغذائي تبين الاسم والمكونات والمعلومات الهامة الأخرى
2 - إرفاق صورة عن شهادة الحلال من بلاد غير إسلامية من المراكز الإسلامية المجازة في قائمة وزارة الصحة في الحالات التالية:
- إذا كان المنتج من أصل حيواني أو يدخل في تركيبه مواد من أصل حيواني كالجيلاتين، أو المضافات الغذائية من أصل حيواني كالليسيثين والمستحلبات الدهنية (E471,472) من دول غير إسلامية. 
- إذا احتوى المنتج على المنفحة ولأنزيمات الحيوانية كأنزيم الرنين المضاف للأجبان
- إرفاق صورة عن شهادات التحليل خاصة من مختبرات معتمدة بالأيزو 17025 أو من مختبرات الجهة المختصة عن سلامة الغذاء في بلد المنشأ للاختبارات المعنية، إذا احتوى المنتج على اثار من الكحول. 
- إذا كانت الأغذية معدلة وراثيا أو تحتوي مكونات معدلة وراثيا أو معاملة بالتشعيع أو بالتقنيات الحيوية يجب الأخذ بعين الاعتبار عند تسجيلها:
- إرفاق إفادة من الجهات الرسمية تفيد أن المنتج يتم استهلاكه في بلد المنشأ.
- إرفاق المعلومات عن دراسات تقييم المخاطر والتتبع.
- التأكد من وجود الرمز الدولي للتشعيع في حالة وجود أغذية أو مكونات معاملة بالإشعاع. 
- إرفاق معلومات حول طبيعة التشعيع الذي تم (نوع الأشعة، وقوة الأشعة والمدة الزمنية والهدف من العملية ومكان أجرائها)
- في حال تسجيل الأغذية العضوية أو الأغذية التي تكون أحد مكوناتها عضوي يجب الالتزام بما ورد في دليل استيراد الأغذية العضوية المنشور على موقع الوزارة وإرفاق الشهادات العضوية من الجهات المختصة بذلك المعتمدة في الدليل. 
- في حال احتوت الأغذية على أي شعار خاص بعلامات الجودة أو علامة الحلال من بلاد إسلامية.. إلخ، يجب إرفاق شهادة من الجهة المعتمدة للشعار تبث صحة الادعاء.